Németország és a homoszexualitás emancipációjáért folytatott ottani mozgalom sok szempontból inspirációt jelentett a csehszlovák és a magyar aktivisták számára. Miután azonban Hitler 1933-ban hatalomra került, a légkör drasztikusan megváltozott. A náci rezsim felállított egy ügyosztályt, amely a német nemzet ún. tisztaságával foglalkozott, amelyet különféle „nyavalyáktól”, például a homoszexualitástól vagy az abortusztól meg kell szabadítani. Így a politikai manipuláció különféle állításai alapján mintegy 100 000 ember került a homoszexuálisok listájára; e személyek felét börtönbüntetésre ítélték, több százukat elmegyógyintézetbe küldték. Néhányan úgy kerülték el a börtönt, hogy ún. „önkéntes” kasztráción estek át. 1937-től a koncentrációs táborokban megjelölésükre az ún. rózsaszín háromszöget kezdik el használni. A szenvedés és a kínzás különféle formáival kellett szembenézniük, beleértve az embertelen álorvosi kísérleteket is. Becslések szerint a rezsim 10 000–15 000 homoszexuális személyt küldött koncentrációs táborokba, akik többsége ott is halt meg.
Szlovákiában a hazai jogszabályok voltak érvényben, így a 241. § alapján a homoszexuálisok ellen továbbra is büntetőeljárás indult, de külön homoszexuális transzportot nem szállítottak a koncentrációs táborokba. A protektorátus idején a homoszexuális cseh férfiakat és nőket elvileg nem veszélyeztették a koncentrációs táborok, de, mint a háború előtt, súlyos börtönbüntetést kockáztattak.
Az 1940-es évek Magyarországán az állambiztonság a homoszexuálisokat „a közerkölcs szempontjából” „megbízhatatlan” embereknek tartotta. Ezért azt javasolta, hogy vonják őket kötelező munkaszolgálatba, amely során az első frontvonalban veszélyes munkát végeznének a hadsereg számára. Ezt a tervet azonban nem sikerült megvalósítani.
